На фоне жестокой войны между натуралами (OMNI) и координаторами (ZAFT) один из бойцов координаторов получает задание добыть недавно созданный Земным альянсом мобильный доспех, обнаруженный в колонии натуралов Гелиополисе. Кира Ямато, гражданский молодой человек, обучающийся в техническом колледже Гелиополиса, втягивается в конфликт, когда ZAFT силой забирает четыре из пяти доспехов; остается только «Страйк», и Кира вынужден сесть за его управление, чтобы спасти свою жизнь и жизни друзей. В разгар хаоса он встречает друга детства Асурана Залу, который по стечению обстоятельств оказался солдатом ZAFT и принимал участие в набегах на Гелиополис. Управляя «Страйком», Кира присоединяется к Земному альянсу на борту корабля «Архангел», надеясь защитить близких, хотя и тревожен тем, что вынужден сражаться против давнего друга и людей, которых когда-то считал близкими.
