Это продолжение истории, начатой в фильме «Аркадия моей юности». Галактика погружена в войну против Империи Иллюмидус, чьи войска порабощают и разрушают целые миры. Земля окончательно оказалась под властью чужеземцев, а Харлок и его избранники объявлены врагами человечества и изгнаны с родной планеты. Иллюмидус не идёт на компромиссы: давление над звёздными системами усиливается, а сопротивление распадается на обломки. В такой обстановке Харлок, его верный союзник Тотиро и таинственная Эмеральдас продолжают путь, занесённые в розыск под кодовыми номерами S-00999, S-00998 и X-00001. Они вынуждены сражаться не только с безжалостным захватчиком, но и с людьми, ради наживы готовыми выдать их за вознаграждение. Единственные защитники Земли держат оборону, прорываясь сквозь мрачную пелену космоса, рискуя жизнью и совестью ради свободы, чести и выживании на краю вселенной. Их корабль несёт надежду и память о далёком будущем, пока бесконечный путь SSX продолжает свой курс.
