История переносится в эпоху, где магия ещё держит мир в руках — 2015 год. Чтобы сохранить человеческий род, возводят научно-магическую станцию под названием «Халдея», чья задача состоит в сочетании чародейства и технологий для наблюдения за реальностью. По выводам учёных, человечеству должно осталось жить примерно сто лет. Но неожиданно «Халдея» фиксирует странную аномалию: область будущего, которая находилась под их контролем, исчезает без следа. Это вызывает панику, и специалисты углубляются в анализ полученной информации. Оказывается, в городе Фуюки существует отрезок времени 2004 года, который никогда не попадал в поле зрения станции за всё существование проекта. Также подтверждается вывод об вымирании человечества к 2017 году. В ответ на эти данные «Халдея» запускает операцию «Рейшифт» — план отправить группу специально обученных Мастеров в прошлое для устранения аномалии. Но в лаборатории случается взрыв, и большинство участников оказывается в тяжёлом состоянии. В итоге одному из них, Ритсуке Фудзимару, удаётся перенестись в прошлое, туда, где разворачивалась легендарная война за Святой Грааль. Ему предстоит разобраться, что на самом деле произошло, и по возможности устранить угрозу.
