Прошло уже тысяча лет с тех пор, как загадочная раса Гауна разрушила Солнечную систему. Эти гигантские существа почти неуязвимы и лишены разума, их подступ к людям остаётся неизменным — неясная воля, направляющая их к стремительной атаке. Выжившие люди укрылись за пределами Земли, отправившись на кораблях-армадах под названием «Сидония», которые сумели сохранить род человеческий. В условиях постоянной тревоги цивилизация научилась конструировать управляемые боевые модули, чтобы противостоять врагам и хранить остатки человечества. Вся жизнь Нагатэ Таникадзэ [谷風 長道] прошла в полной изоляции на борту этого кочевого корабля. Его обнаружили и тут же заметили заметный дар к управлению боевыми механизмами, после чего он начал обучение пилотированию. Теперь он вместе со своими товарищами-п pilots'ами вступает в тяжёлую и рискованную войну против Гауна, неустанно сражаясь за выживание человеческого рода и за надежду на грядущее.
