Действие разворачивается в Кивотосе — городе, который состоит из тысяч академий и управляется Генеральным студенческим советом. В один день пропадает президент совета, и город погружается в хаос и неразбериху. Совет обращается за помощью к Федеральному бюро расследований S.C.H.A.L.E., основанному самим пропавшим лидером незадолго до исчезновения. В рамках агентства появляется загадочный наставник по имени Сэнсэй, недавно прибывший в город по просьбе президента. Возглавив S.C.H.A.L.E., он получает первое задание — помочь ученикам академии Абидос удержать свою школу от закрытия под давлением надвигающейся угрозы. Смогут ли Сэнсэй и ученики преодолеть предстоящие испытания, спасти академию и разыскать тайны этого города? Чем обернётся путь героев и удастся ли городу вернуть прежнее спокойствие — останется загадкой до финала.
