Аниме Ателье колдовских колпаков рассказывает о мире, в котором магия считается привилегией избранных, а обычные люди лишь наблюдают за чудесами со стороны. Мать Коко уверяет, что настоящая сила доступна не каждому, и мечты о волшебстве для простых людей остаются недосягаемыми. Но судьба подбрасывает неожиданный поворот: сама маленькая Коко не обладает магическими способностями. Казалось, её надежды на удивительные колпаки рассыплются, пока судьба не приводит в её жизнь настоящего мага по имени Кифри. В порыве восторга Коко делится с ним странной находкой — старой иллюстрированной книгой и кистью с чернилами, купленной на дворцовой ярмарке, что мгновенно привлекает внимание мастера. Маг уходит, но возвращается в самый критический момент — именно после того, как Коко применяет глифы из своей книги и творится нечто тревожное. Пожалев девушку, Кифри берет её в ученицы. Теперь она должна завязать дружбу с другими ведьмами и освоить секреты магии ради спасения матери. Однако учителю по роду своей воспитанницы приходится выйти на след таинственной группировки «Шляпа с полями» — еретиков и экспериментаторов с запретной магией, распыляющих опасные артефакты среди народа.
