Во XXII веке человечество сталкивается с внезапной космической агрессией рептилиевидных захватчиков из Юпитера. Спустя год после нападения на земную колонию на Марсе Акито чудом выжил и оказался на Земле без ясного понимания причин своего появления там; он зарабатывает на жизнь поваром и пытается выяснить правду о себе и о случившемся. Всё меняется после случайной встречи с Юрикой, детской подругой, которая оказывается капитаном новейшего корабля «Надэсико», созданного частной компанией «Нергал» с целью найти выход из нарастающего кризиса. Следуя за ней, Акито, полный надежд на ответы, входит в состав экипажа, состоящего из людей с самыми необычными характерными чертами. В ходе упорного боя «Надэсико» продолжает долгий полёт к Марсу, и там, возможно, откроется тайна гибели родителей Акито и причины его загадочного появления на Земле.
