После второго удара единственная останется от Японии — разрушенный мегаполис Токио-3, который непрерывно подвергается атакам гигантских существ, известных как Ангелы, чьё намерение противостоять человечеству остаётся загадкой. Синдзи Икари, три года не встречавшийся со своим отцом, получает неожиданный звонок в штаб-квартиру Nerv — организации, возглавляющей противостояние Ангелам. Чтобы остановить угрозу, Nerv опирается на огромные боевые машины — Евангелионы. Ему предстоит стать пилотом Евы-01 и работать в связке с Рей Аянами, пилотом Евы-00, чья загадочная натура добавляет напряжения в миссию. Город Токио-3 становится полем бесконечных противостояний, где каждая схватка с Ангелами может повлиять на судьбу всего человечества. Взаимодействие с Рей раскрывает новые грани войны и ставит под сомнение границы между долгом, страхом и надеждой на выживание.
