После разрушительного Второго удара на карте Японии остался лишь город Токио-3, который постоянно оказывается под огнем гигантских существ, именуемых Ангелами, чьи цели — уничтожение человечества. Синдзи Икари, не виделший отца три года, получает неожиданный звонок от него с требованием срочно прибыть в штаб-квартиру Nerv, организации, ведущей борьбу против Ангелов. Чтобы сдерживать угрозу, Nerv применяет огромных роботов — Евангелионов, созданных для сражений с монстрами. Задача молодого пилота состоит в том, чтобы освоить управление Евой-01 и начать работу в тесной связке с Рей Аянами, пилотом Евы-00. Между ними рождается напряжённое партнерство: новичок учится держать ритм боя, подстраиваться под странные условия битвы и одновременно искать своё место в мире, где каждый шаг может изменить судьбу всего человечества. В этом пути он узнаёт цену доверия, силы команды и собственному взрослению на фоне бесконечных угроз Ангелов.
