События разворачиваются в ближайшем будущем. После падения метеорита на Землю начинают происходить таинственные смерти. Со временем становится ясно: причиной стали не обычные болезни, а загадочные сущности — духи чужих миров, получившие название Фантомы. Их родная планета была уничтожена, и её обломок, блуждая по космосу, в итоге оказался на Земле. Прикосновение Фантомов приводит к гибели людей, поэтому на планете выстроились города и поселения, окружённые энергетическими стенами, которые способны противостоять вторжению и помогают людям выживать в сложившихся условиях. В центре истории оказываются три ключевых героя: учёная Аки Росс, доктор Сид и капитан техноотряда Эдвардс. По мере развития сюжета между учёными и военными нарастает разлад в подходах к ликвидации Фантомов и победе в войне: одни настаивают на радикальных методах, другие — на поиске более безопасного и эффективного пути. Фильм исследует напряжение между наукой и военной машиной, ставя под сомнение цену спасения человечества и возможность победить загадочную угрозу без утраты собственной человечности.
