События этого фильма разворачиваются спустя полгода после событий предыдущей истории. Фейт Тестаросса возвращается в город Уминари вместе с Линди Харлаоуной и продолжает служить её попечительницей, пытаясь жить обычной школьной жизнью рядом с Нанохой Такамати и их друзьями. Но радостное воссоединение недолговечно: на них набрасываются четверо людей, овладевших древней магией и самоназвавших себя Wolkenritter — Облачные Рыцари. По мере того как их намерения начинают становиться ясными, Наноха и Фейт спешат остановить пробуждение могущественного артефакта, известного как «Книга Тьмы». Плавно чередуя моменты дружбы и напряженные сцены сражений, история держит зрителя в напряжении и показывает, как героини балансируют между заботой друг о друге и ответственностью перед целым миром, который может измениться из-за силы, скрытой в древних свитках.
