Это очередное дополнение к франшизе Призрак в доспехах, которое знакомит зрителя с новым звеном японской полиции — Девятым отделом МВД. Их задача — заниматься расследованиями, выходящими за рамки обычной правовой деятельности и требующими особых технологических возможностей и нестандартных подходов. В центре сюжета — Майор Мотоко Кусанаги, чьё тело прошло через многочисленные кибернетические операции в детстве и превратилось в цельный киборг; она оказывается под руководством Дайсуке Арамаки, который возглавляет дело о мощном взрыве. Однако к расследованию привлекаются и другие фигуранты: ветеран и бывший рейнджер, чья репутация омрачена прошлые кровавыми столкновениями на южном континенте — Бато, а также молодой детектив Тоґуса. Именно эти люди становятся основой формирования Девятого отдела. Вместе они должны противостоять силам терроризма и распутывать клубок загадок, чтобы защитить город и его жителей от грозящей угрозы.
