Зойды представляют собой звероподобные боевые механизмые, которые применяют и в быту — для перевозки грузов или выполнения повседневных задач — и на полях сражений. Среди них особо выделяются миниатюрные Органоиды — живые существа, умеющие сливать свою энергетику с обычными зойдами, значительно усиливая их боевые способности. Ван Флайхет наталкивается на одного из Органоидов в заброшенной лаборатории и, преследуемый двумя зойдaми, пытается скрыться в глубине помещения. Там же он обнаруживает загадочный сосуд, внутри которого запертa странная девушка. В попытке спастись от преследователей Ван разбивает сосуд, освобождает пленницу и уносит её вместе с Органоидом. Наблюдая за повреждённым зо́дом, он понимает, что существо может слиться с машиной и тем самым исправить поломки. Решив оставить Organоида себе как друга и напарника, Ван называет его Зеке. Спасённую девушку зовут Фиона — также известная как Элиси «Fiona, Fine» Линетт. Ей нужно найти загадочного зойда по имени Ева. Так начинается путь Вана, Фионы и Зеке — впереди их ждут новые приключения.
