В недалёком будущем большая часть суши ушла под воду из-за катастрофического подъёма уровня океана. Нацуки Икаруга — молодой человек, подвергшийся суровым испытаниям: несколько лет назад он потерял мать и лишился ноги. Единственное, что осталось от прежней жизни — старый корабль, батискаф и долги, перешедшие к нему по наследству от бабушки, профессора морской геологии Нонко Ятигусы. Чтобы расплатиться с долгами, Нацуки отправляется в экспедицию к затонувшему зданию, где, по слухам, хранится ценность, принадлежащая её прежней хозяйке. Но вместо сокровищ он находит капсулу с дремавшим внутри роботом-гуманоидом — Атри. После пробуждения Атри клянётся помогать своему новому спутнику, как минимум до момента, пока не освободится память о последнем задании, выданном её предыдущей владелицей. Так начинается союз, в котором перед ними открывается мир загадочных подводных тайн, переплетённых древними технологиями и вопросами долга, дружбы и смысла жизни под шум океана.
