Beast Wars Second рассказывает о новых героях, действие разворачивается спустя многие годы на Земле, ныне известной как планета Гайя, пережившей апокалипсис. Кибертронцы под предводительством Лио Конвоем прибывают на этот мир, чтобы разобраться с странными преобразованиями, охватившими планету, и помешать Дестронам во главе с Гальватроном, чьи планы заключаются в поглощении её богатств. По мере развития сюжета появляются новые союзники и испытания, которые заставляют пересмотреть старые догмы о борьбе между фракциями. Героям предстоит раскрыть загадки прошлого, когда природа и техника переплетаются в сложном танце трансформаций, и каждое противостояние приближает к разгадке причин необычных изменений мира Гайи. В этом эпизоде вселенной Beast Wars герои учатся доверять друг другу, противостоять хитростью врага и выживать в условиях, где границы между друзьями и врагами постоянно размываются.
