После завершения Второй мировой войны в Японии возникло специальное агентство, задачей которого стало противодействие терроризму и экстремизму в регионе Тихого океана. Это была серьёзная миссия, справиться с которой могли лишь настоящие профессионалы. Но кого же Япония могла набрать для такой задачи? Разумеется — ниндзя. Сначала ведомство действовало в пределах страны, однако впоследствии сфера ответственности расширилась до глобального масштаба: сотрудники начали заниматься и международными операциями, а численность достигла двадцати тысяч человек. В их числе оказался Куро Кумогакурэ — семнадцатилетний парень, который, несмотря на репутацию неудачника, стремится стать неотъемлемым звеном в цепи защитников, обеспечивающих безопасность страны от атак зарубежных преступников. Звучит эффектно, но Куро ещё школьник, поэтому устроился в агентство на полставки, сочетая службу с учёбой и чередой обычных подростковых забот.
