За два десятилетия до начала сюжета Танатос — гигантский астероид, устремившийся к Земле, сталкивается с Плутоном и приносит его гибель. Хотя удар разрушает саму орбиту и временно откладывает катастрофу, опасность остаётся, и мир стоит на краю неминуемой гибели. Чтобы предотвратить катастрофу, Международное агентство по изучению Солнечной системы (МАИСС) запускает секретный проект «Д» и, обнаружив в глубинах океана яйцо дракона, создает экипажируемый оборонительный механизм под названием «Драгонавт», наделённый миссией остановить Танатос. Но вскоре становится ясно: угроза не ограничивается одним небесным телом — Землю заполняют загадочные существа, чьи намерения пока что непонятны. В такие тревожные времена молодой Дзин Камисина (яп. カミシナ・ジン) становится свидетелем убийства, совершённого одним из этих созданий. Когда он сам оказывается на пороге гибели, ему неожиданно приходит на помощь таинственная девушка по имени Тоа (яп. トア).
