Через несколько десятилетий после Третьей мировой войны Токио превратилось в огромную заражённую зону, которую огородили стенами и объявили закрытой для доступа — Чёрное Пятно. Со временем на этой выжженной земле снова появляется жизнь, однако внутри обитают люди с необычными силами: они способны поджигать огонь, управлять ветром и гравитацией; такие способности пугают обычных жителей, они окрестили их Изгоями. Действие разворачивается в 2130 году, примерно спустя полвека после разрушительного конфликта. Гигантская фармацевтическая корпорация Симеон разместила здесь свой главный офис, демонстрируя видимую благотворительность, но за кулисами проводит жестокие испытания на людях, торгует лекарствами от старения и охотится на Изгоев. Чтобы свергнуть власть корпорации, Сопротивление из четырёхсот людей пытается покончить с Адамом Арклайтом — главой компании, однако они терпят сокрушительное поражение от Изгоев из Элитной Четвёрки. Единственный выживший, Круз Шильд, встречает двоих мощных Изгоев — Адама Блейда и Еву Нойшванштайн — и вместе с их другом, профессором Гидо, решает помочь Крузу уничтожить Симеона.
