Тихий и внешне неприглядный в повседневности, четырнадцатилетний Михару Рокудзё часто пользуется своей кажущейся безразличностью как своеобразной маской. Но в нём скрывается буря: он носитель древнего хидзюцу по имени Синрабансё — мощнейшее искусство ниндзя, за которым охотятся многие кланы. Ту силу, если ей овладеть, обещают сделать правителем мира ниндзя в царстве Nabari. Одноклассник Михару Коити Аидзава и их учитель английского языка Тобари Дюрандал Кумохира принадлежат к клану ниндзя Бантэн и настойчиво просят позволить им охранять Михару, ведь пробуждающийся Синрабансё ставит героя в опасную зону; хотя идея охраны не радует его, он всё же соглашается. Затем за Михару начинают идти атаки ниндзя одна за другой. В их группе появляется очаровательная блондинка-самурай Раймэй Симидзу, чьё появление добавляет новые краски в их судьбу. С каждым днём Михару всё глубже погружается в запутанный мир Nabari и в борьбу между кланами и интригами власти.
