Людскому разуму угрожает исчезновение на фоне атак пришельцев — Зентреди, и люди запускают флотилию колонизационных кораблей ради обеспечения своего будущего. В составе одного из таких флотов, названного Макрос Фронтир, судьба старшего школьника Саотомэ Альто кардинально меняется: корабль неожиданно подвергается нападению таинственных существ именно во время его выступления на концерте в честь кумиров — поп-идола Шерил Ноум. Войска чужаков сеют разруху и хаос; чтобы защитить Ранку Ли — юную девушку, с которой он познакомился всего несколько часов назад, Альто вынужден занять место погибшего пилота в кабине нового боевого модуля. О его героических подвигах сообщает частная военная компания «S.M.S. Skull Squadron», приглашая Альто присоединиться к их рядам. Так он становится частью команды и продолжает охранять не только друзей, но и сам Макрос Фронтир.
