Долгая и изматывающая война между человеком и разумными машинами, известными как механоиды, наконец-то подошла к завершению, и за опустевшими полями битв над Землей воцарилось перемирие. Расширив свое влияние по всей галактике, власти механизированной расы угрожали планете, но обе стороны -- хоть и неохотно -- приняли договорённость и прекратили кровопролитие. Зеро, когда-то прославленный адмирал флота в Великой Галактической войне, ныне командует буксирным судном; он пережил личную утрату — потерял семью в бою — однако по-прежнему беззаветно оберегает Землю. Во время очередного задания экипаж буксира сталкивается с атакой загадочного пиратского корабля, прозванного «Тенью смерти», и Зеро вступает в бой, но бой заканчивается поражением. Позже командование поручает ему новую миссию: выследить и захватить легендарного пирата капитана Харлока, который оказался тем самым напавшим. Теперь под знаменем Независимого Флота, вместе с бывшим военным линкором «Кария» и отборной командой, в состав которой входят и люди, и механоиды, Зеро вынужден долго и усердно прочёсывать гигантскую Вселенную, чтобы выйти на след знаменитого преступника и вернуть баланс во вселенной.
