Кьён — обычный школьник, который уже давно отвык верить в чудеса и предпочитает жить по расписанию: всё привычно и безопасно. Но всё меняется, когда в его классе появляется Харухи Судзумия: она уверена, что вокруг нас скрываются пришельцы из будущего, инопланетяне и даже люди с паранормальными способностями — и они ничем не примечательны лишь потому, что выдают себя за обычных школьников. Всё началось с её недовольства скучными клубами и простого тезиса: если чего-то не хватает — сделай это сам. Так рождается Бригада SOS — клуб по поиску и исследованию странного и необъяснимого. Первым к делу присоединяется сам Кьён, которому прежде хотелось лишь спокойной школьной жизни. Команда обретает штаб в комнате литературного кружка, где рядом с Харухи расположилась Юки Нагато — таинственная одноклассница, которая оказывается не просто человеком, а инопланетянкой. Но трое — мало; необходимы новые участники, чтобы сделать quest по-настоящему значимым. И вот в состав входит очаровательная второкурсница с непростой судьбой, путешественница во времени Микуру Асахина. Затем в школу переводится загадочный незнакомец, чьи цели скрыты — Коидзуми Ицки, экстрасенс. Так все собрались — и начинается охота за неизвестным.
