Во втором сезоне аниме «Парень из эпохи Бакумацу» история переносится в альтернативную версию Японии эпохи сакуры и мечей, созданную действиями Мугэнсая. Синсаку Такасуги и его верный напарник Кагоро Катсура снова сталкиваются с запутанной сетью временных параллелей и пытаются разгадать, как вернуться в своё настоящее. Однако похоже, что удача на их стороне не навсегда: разрушенный ранее хронометр вдруг начинает жить собственной волей и постепенно восстанавливается. В чем же проблема возвращения, если сам артефакт необходим для перемещений во времени? Его пробуждение идёт по пути опасных разломов, которые притягивают сюжеты и детали из иных миров, нанося серьёзный урон их миру. К тому же на горизонте возникает новая угроза — загадочный законный преемник Мугэнсая, чьё появление добавляет пикантности тайнам, заставляя героев снова рисковать и искать путь к спасению времени и судьбы страны.
