«Город, в котором меня нет» рассказывает о жизни мангаки по имени Сатору Фудзинума, чья работа поглощает почти каждую минуту дня: чернила, эскизы и непрестанно растущее чувство ответственности за каждую историю. Он трудится без устали, мечтая создать произведение, которое затронет читателей и найдёт отклик в их душах, но реальность часто встречает его сомнениями и редкими, едва уловимыми признаниями. Для Сатору важны не только ответы на вопросы о том, каким должен быть главный герой, до какой степени он близок к самому себе и что ему не хватает, но и умение увидеть людей вокруг него так же глубоко, как и их судьбы. Однако сам он не признаёт своё особое дарование и не хочет называть его сверхсилой; ему кажется, что это просто внимательность к деталям, которая способна возвращать моменты обратно во времени, пусть и непроизвольно. Но для чего нужна эта способность? Возможно, чтобы исправлять ошибки прошлого. В детстве Сатору не сумел поддержать друзей, и то поражение до сих пор тяжело лежит на его плечах. Когда же угроза из прошлого вновь подкрадывается и грозит тем же людям, его умение проявляется с новой, более изощрённой стороны, давая шанс предотвратить повторение трагедий. Но цена такого вмешательства оказывается выше ожидаемого, и каждый шаг к спасению близок к опасной черте между героизмом и последствиями, которые может принести изменённая реальность.
