Мир на грани вымирания. Внеземные существа Гауна — угроза, нависающая над человечеством. Чтобы найти новый дом, люди покидают Землю и направляются в неизведанный космос на звездолёте «Сидония». Рыцари-пилоты держат оборону корабля, но это временная мера. Нагате Таникадзэ, один из лучших в своём деле, отлично понимает, что враг продолжает наступать с нарастающей силой. Сотни соратников гибнут, новое оружие безуспешно противостоит противнику, и надежды тают. В отчаянной ситуации требуются отчаянные меры. Военные и учёные совмещают забытые знания, чтобы создать новый организм: существо по имени Цумуги Сирауи. Её тело — Гауна, однако внутри — человеческий голос. В боях она становится ценным союзником, хотя её появление вызывает жаркие споры и сомнения у части экипажа. Так или иначе, на пути к искомому дому для людей предстоит пройти через ещё множество препятствий.
