Аниме рассказывает о карточной дуэли, во многом напоминающей таинственную Игру теней, возникшую в Древнем Египте примерно три тысячи лет назад. Школьник Юги Муто случайно собирает Головоломку тысячелетия — древний артефакт, найденный во время экспедиции его деда, Сугороку Муто. Соединяя её, Юги приобретает второе «я» — дух фараона, запертого в артефакте три тысячи лет назад. Теперь он делит своё тело с этой сущностью, которая ничего не помнит о прошлом. Участвуя в карточных турнирах и побеждая на пути других обладателей артефактов тысячелетней эпохи, Юги и его друзья помогают Фараону [闇の遊戯] разгадать секрет утраченных воспоминаний.
