Шидо Ицука — обычный старшеклассник, чья жизнь ничем не выделяется на фоне одноклассников. В последний день весенних каникул город, в котором он обитает, превращается в зону разрушения после опустошительного взрыва, и на его глазах появляется странная девушка в боевых доспехах. Прежде чем он успевает переварить случившееся, ему открывается удивительная правда: сестра по имени Котори уверяет, что незнакомка — дух, ставший причиной таинственных искажения времени и пространства. Котори добавляет, что руководит организацией «Рататоск», а её задача — предотвратить исчезновение человечества из-за действий духа. Самый эффективный способ добиться этого, по её словам, — завести роман с этой сущностью. Таким образом мир на пороге катастрофы оказывается на плечах Шидо, и единственное напутствие, которое он слышит от сестры, звучит как шутка: «Я не прошу тебя победить духа. Просто заставь её влюбиться в себя — и спаси человечество».
