Действие разворачивается после завершения турнира Священный Путь, события которого были показаны в прошлой части аниме. Тэнма Мацукадзе возвращается в Раймонскую среднюю школу, однако это уже не та учебная обстановка, к которой он привык, и в команде почти никто не продолжает играть в футбол. Встреча с Альфой, капитаном коллектива Протокол Омега, заставляет героя осознать, что он попал в параллельную реальность, где Альфа участвует в тайном проекте, нацеленном на исчезновение футбола в будущем. Чтобы поддержать Тэнму в его приключениях, фургон прежней команды претерпевает радикальные изменения и превращается в летающий аппарат времени, способный перемещать героев между эпохами. Так начинается новое похождение, где пересекаются линии времени и пространства, и задача Тэнмы — выяснить, кто за этим стоит, предотвратить надвигающуюся угрозу и вернуть игру в мир, прежде чем будет слишком поздно.
