Вторая часть аниме Милки Холмс 2 продолжает историю героинь первого сезона — Шерли Шерлинфорда, Ниро, Элли и Корделии. После битвы с королевой преступного мира они все еще не нашли способ вернуть утраченные способности и былую уверенность в себе. Однако девушки не паникуют и не пускают унынию в своё окружение: отчисление из Академии Холмса их не пугает, скромная пыльная комнатушка не кажется им непреодолимым барьером, а голод — обычная реальность, с которой они умело справляются. Учёбу они ставят на паузу, сами выращивают продукты и в свободное время даже вынужденно выкручиваются на улицах города, собирая мелочь и подрабатывая на чём попало. Слабость ощутила и «Четвёрка гениев», когда их конкурентами вновь стала Милки Холмс: лидер группы Кокоро Акэти попадает в руки мошенницы, и теперь у всей «четвёрки» возникают серьёзные проблемы. Президент школьного совета Анриетта оказывается в отчаянной ситуации и идёт на крайние меры, пытаясь наставить девушек на правильный путь. Но сможет ли она направить их к более светлым целям и вернуть утраченную дисциплину, или впереди их ждут новые испытания и сомнения?
