После того, как Мотоко Кусанаги освободилась от обязанностей 501-го секретного отдела, она оказывается под началом Дайсуке Арамаки. Неизвестный взломал искусственный интеллект Логикомы, и Бато решает собрать новую команду. Он заручается поддержкой бывшего военного разведчика Исикавы и специалиста по взрывчатке по имени Бома. Мотоко стремится привлечь к расследованию снайпера Сайто и тайного агента Падзу. Девятый отдел разворачивает очередную операцию, которая углубляет конфликт между технологиями и человеческими устремлениями. В ходе подготовки команда сталкивается с хитросплетениями шпионажа, моральных дилемм и вопросов идентичности, ставя под сомнение логику происходящего. Но время не на их стороне: любая ошибка может обернуться катастрофой, и каждый участник должен выбрать цену за правду.
