Фильм открывается сценой, в которой Фуюки Хината вместе с отрядом Кэроро отправляются на исследование заброшенного храма, расположенного на вершине перуанских гор у подножия легендарной Мачу-Пикчу. В ходе обследования Кэроро непреднамеренно активирует скрытую ловушку, и группа наталкивается на тайную залу с большим синим кристаллом на пьедестале, внутри которого спрятан ключ. Неожиданно Кэроро нажимает таинственную кнопку, что запускает загадочную машину и приводит к сотрясениям храмовых стен. Понимая, что ситуация вышла из-под контроля, команда спешно бросается к выходу. Во время бегства Кэроро теряет свой шар Керо, а Фуюки, уходя на волне погони, мельком видит сверкающую молодую женщину и сообщает ему, что в комнате присутствовала девушка, но не успевает объяснить подробности. Группа благополучно покидает храм, в то время как таинственная девушка, теперь с искрящимися крыльями, наблюдает за их уходом. Внутри кристалла тем временем начинает формироваться нечто зловещее и живое, обещающее перемены в судьбе героев и разгорающуюся битву за небо.
