Юный Дзиро возвращается домой и обнаруживает тревожную сцену: мать и сестра найдены мертвыми в его собственном доме. Ему несправедливо обвиняют в преступлении и он вынужден бежать из родной деревни. В пути он сталкивается с таинственным священником по имени Тэнкай, который заставляет его выполнить убийство противника-отступника-ниндзя по имени Тародза. Выполнив этот приказ, Дзиро начинает долгий путь обучения, становясь непревзойденным мастер-убийцей. Годы спустя он узнаёт, что сам является сиротой и что его биологическим отцом был именно Тародза, когда-то служивший Тэнкаям, но бросивший свою миссию после того, как влюбился в женщину из народа айнов. Теперь Дзиро понимает, что сёгунат намерен добыть утраченное сокровище Капитана Кидда и использовать его для повторной изоляции Японии от остального мира. Следуя за зашифрованными подсказками, которые тайно хранил Тародза, Дзиро вместе с девушкой-ниндзя Оюки и рабом по имени Сэм отправляются в Россию и Америку в поисках сокровища, надеясь с его помощью отомстить Тэнкаям.
