Спустя четырнадцать лет после событий второго фильма Синдзи Икари просыпается в мире, который почти не узнаёт. Он не может разобрать происходящее, а вскоре перед ним вырастает тревожная правда, скрытая за пеленой воспоминаний. Мир снова оказывается на грани катастрофы, а Ангелы возвращаются с новой силой. В этот раз к нему присоединяются неожиданные спутники, тогда как давние друзья сомневаются и противятся его решениям. Судьба снова отправляет его на передовую войны и принуждает принять выбор, способный повлиять на судьбу всего человечества. Что же он выберет на этот раз: личную свободу или жертву ради большого плана? И какой ценой будет достигнуто спасение? Этот выбор раскроет новые грани души героя и поставит под сомнение весь проект Евангелиона. Хрупкие отношения, вопросы верности и памяти переплетутся с новой эстетикой войны.
