Ангелы продолжают безостановочно атаковать город, а в лаборатории Nerv начинается новая стадия подготовки пилотов. В числе первых появляется EVA-05 Мари Илластриэс Макинами (真希波・マリ・イラストリアス), молодой и амбициозный пилот, за ней следует EVA-02, а позже к ним присоединяется EVA-03 Аска Лэнгли Сикинами (惣流・アスカ・ラングレー). Внесённые в команду смены меняют расстановку сил и добавляют новые динамики в боевые операции. Одновременно руководство Nerv и загадочная секта Seele запускают масштабный проект по расширению человеческих возможностей, обещая радикальные перемены для всего человечества. В его рамках задействованы Рей (綾波 レイ) и Шинджи Икари (碇 シンジ), а также загадочный мальчик Каору Нагиса, чьи мотивы остаются скрытыми. Взаимодействие между новыми пилотами, руководством и таинственной программой порождает сеть интриг, сомнений и конфликтов, ставящих под угрозу не только личную безопасность героев, но и 방향 будущего мира. По мере развития сюжета герои сталкиваются с моральными дилеммами, связанными с технологическим преображением человека и темной стороной власти, скрытой за блеском новых сил.






