Спустя двадцать тысяч лет после прибытия на Землю Харуо Сакаки и выжившие люди обнаруживают планету, кардинально изменившуюся. Флора и фауна будто олицетворяют Годзиллу, а сама Земля превратилась в арену гигантского монстра — Годзиллы высотой около трёхсот метров, чья власть подавляет всё живое. Человечество на грани исчезновения и вынуждено бороться за выживание. Свет надежды появляется в лице Харуо, который стремится победить чудовище и вернуть планете человечество. На Земле он встречает потомков древнего народа — племени Хутуа. Близнецы Маина и Миана приводят его к останкам Меха-Годзиллы — давнего оружия против чудовищ, которое до сих пор живо и приняло форму наноматериала, способного самовоспроизводиться. В итоге Харуо узнаёт о существовании целого города Меха-Годзиллы, созданного наноматериалом на протяжении эпох, который может стереть монстра с лица планеты и дать людям шанс на существование на Земле.






