История фильма открывается тем, что Такато получает в подарок цифрового зверька по имени Гилмон. С запланированным отпуском на солнечной Окинаве он берет с собой своего верного виртуального друга, чтобы разделить радость путешествия. На острове ребята знакомятся с ещё одним укротителем — Минами, с которой быстро складываются дружеские отношения и общие планы на отдых. Но их безмятежную идиллию нарушает тревожная цепь событий: в сети Японии внезапно начинается вирусное заражение, вызванное одним из популярных компьютерных питомцев, которое распространяется по многочисленным устройствам и системам. Такато, пытаясь разыскать источник неполадок, пытается понять, почему Гилмон становится предметом неприязни и даже вражды со стороны других дигимонов, и есть ли связь между его появлением и произошедшим. По мере развития расследования мальчик сталкивается с всё более запутанными интригами цифрового мира и выясняет, что за этим кризисом стоят неизвестные силы, способные повлиять на судьбы как людей, так и дигимонов.
