После тяжёлого удара инопланетной расы Гауна человечество оказалось на грани исчезновения. Выжившие укрываются на гигантских космических кораблях под наименованием «Сидония», лишившихся дома Земли, и отправляются в бескрайний вакуум космоса в поисках нового пристанища. Периодически останавливаясь ради пополнения запасов, эти корабли странствуют по галактике в надежде найти безопасное место для жизни. Однако угроза вторжения Гауна остаётся реальной: учёные создают специальные средства борьбы, а военные обучаются их применению. Нагатэ Таникадзэ провёл большую часть жизни на нижних уровнях одного из судов и почти не общался с людьми, находясь под опекой Хироки Сайто, который считает себя его дедом. Потеря близкого и голод заставляют юношу выбраться на поверхность, и навыки пилотирования, усвоенные на старом тренировочном симуляторе, становятся ключом к обороне «Сидонии» от бесжалостной расы Гауна. Фильм представляет собой сокращённую версию телевизионного сериала.






