Мир вошёл в эпоху жестокого противостояния терроризму: уже в первый день конфликт перерастает в нечто гораздо большее. Сараево за мгновение оказалось разрушено самодельным ядерным зарядом. Мир, где правят ведущие демократические державы, переходит к режиму тотального надзора, а развивающиеся страны тонут под лавиной насилия и геноцида. Кажется, именно за разрушением мировой системы скрывается загадочный американец по имени Джон Пол. Разведчик Клэвис Шеперда [クラヴィス・シェパード] получает задание пробраться в руины цивилизации и выследить Джона Пола [ジョン・ポール], чтобы добраться до истинного сердца тьмы — источника геноцида. Его расследование заставляет переосмысливать понятия морали, политики и риска ради спасения миллионов. По мере продвижения в руины цивилизации герой сталкивается с дилеммами, которые ставят под сомнение само чувство справедливости. Лишь через глубину тьмы открывается ответ на вопрос, кто стоит за зловещим планом и что такое орган геноцида.
