В далёком будущем Земля и большая часть человечества оказались под гнётом воинственной империи Иллюмидус. Харлок, командир космического крейсера «Призрачная Смерть» — перевозчика искателей убежища, — один из немногих, кто ещё сопротивляется тирану инопланетной власти; он тоже терпит поражение. Под ударами оккупантов его корабль вынужден совершить аварийную посадку на одной из баз Иллюмидуса, захваченных врагом на орбите Земли. На этой базе Харлок встречает Тотиро Ояму, который показывает ему великолепный линкор, созданный им по забытым технологиям предков, и даёт ему имя «Аркадия», увековечивая память клана благородных пиратов-рыцарей Харлоков. Космический капитан, последний представитель этого клана, принимает решение не сдаваться и отправляется в путь к освобождению Земли и всего человечества, чтобы положить конец гнёту и вернуть свободный путь для человечества.
