После освобождения от своих обязанностей в 501-м секретном отделе Мотоко Кусанаги вынуждена подчиняться новым приказам Дайсуке Арамаки. В их мире внезапно возникает кризис: неизвестный взломал искусственный интеллект Логикомы, и Бато принимает решение собрать новую оперативную группу. Он привлекает к делу бывшего армейского офицера разведки Исикаву и эксперта по взрывчатке и подрывным операциям Бому. Кусанаги стремится вовлечь в расследование ценного участника — снайпера Сайто и таинственного агента по имени Падзу. В итоге формируется разношерстная команда, нацеленная на распутывание преступления, скрытого за техническими манипуляциями и политическими интригами. Тем временем Девятый отдел запускает ещё одну операцию, направленную на подавление растущей угрозы и раскрытие мотиваций, стоящих за конфликтом между человеком и машиной, где границы реальности и киберпространства всё более стираются.
