Пятнадцать лет назад спокойные воды Тихого океана стали ареной трагедии: круизный лайнер столкнулся с айсбергом и исчез в глубине, оставив за собой холодную память о гибели. Спустя более десяти лет инцидент переплёлся с судьбой инженера Хидэто Яширо, который погиб в автомобильной аварии. Сильная связь этих событий проявляется во время первого рейса роскошного лайнера «Сент-Афродита». Устроив круглый отпуск, Когоро Мори, его дочь Ран, Конан Эдогава и Д Detective Трио отправляются в путешествие, организованное семьёй Соноко Сузуки. Но веселье быстро сменяется тревогой: во время игры в прятки Соноко бесследно исчезает. Непосредственно позже находят зарезанной дочь руководителя компании «Яширо», создавшей судно, а её отец оказывается исчезнувшим. Расследование заходит в безвыходную фазу, однако Конан постепенно приближает след к злоумышленнику. Преступник, не желая быть пойманным, начинает шантажировать взрывом «Сент-Афродиты», грозя отправить всех пассажиров на дно. Пока трюмы заполняются водой, раскрывается суровая правда о кровавых мотивах: преступник оказывается гораздо ближе, чем кажется. Не имея возможности отступить, Конан и Когоро вынуждены примкнуть к погоне за неуловимым злодеем, прежде чем все на борту окажутся под водой.






