История полнометражного фильма "Врата Штейна: Зона загрузки дежавю" переносит зрителя на год вперёд по отношению к финалу сериала. Ринтаро Окабэ снова несёт на себе тяжёлые воспоминания и зацикливается на созданных им временных линиях, постоянно сомневаясь, где именно он допустил ошибку и что сделал неправильно. В результате он всё сильнее утрачивает связь с реальностью. Параллельно Курису Макисе возвращается в Японию после длительного отсутствия. Её необычное и настойчивое ощущение дежавю подсказывает ей, что человек, которого она любит, существовал на самом деле — и это не просто фантазия. Это чувство не отпускает её, и она отчаянно ищет любой способ вернуть Окабэ. Удастся ли Макисе достичь задуманного и не приведёт ли её попытка к ещё более запутанному парадоксу — вот что ждёт зрителей в полнометражной версии фильма.
