Мир, в котором принятый закон «Bill» вводит комендантский час для несовершеннолетних и ограничивает доступ в интернет, не сломал дух молодёжи: она продолжает бороться за свободу, применяя разные методы и сеть как оружие. В Токио действует одна сопротивляющаяся группа, называющая себя SIRRUT, работающая из тени мегаполиса. Их цель — Фумито Нанахару, влиятельный человек, чьё влияние на политическую сцену огромно, и который тайно держит город под контролем. Через интернет-соединения они пытаются разобраться в загадке Башни — таинственной организации, проводящей эксперименты над людьми. Засада в метро, задуманная ради разоблачения Башни, оборачивается встречей с чем-то неземным: в тоннелях появляются странные существа, нападающие на пассажиров. В смятении появляется юная Сая Кисараги, владеющая катаной и идущая к цели с непреодолимой решимостью. Её судьба тесно переплетена с ужасающими событиями в провинции Укасима. Какие темные методы применяют Фумито и Башня? Сумеет ли Сая отомстить и изменить судьбу города, или он останется во власти темноты? Финальная схватка уже близко.
