В одну холодную ночь Нью-Йорк окутан неоном и тенями, когда Рю Хаябуса неожиданно сталкивается с наёмниками. Он расправляется с ними и узнаёт, что они работают на загадочную корпорацию Friedman Company. Её глава, доктор Нед Фридман, недавно потряс общественность заявлением об открытии лекарства от рака. Чтобы понять, зачем корпорации нужен Рю и зачем они охотятся за ним, он идёт к дому Фридмана, где встречает старую знакомую — журналистку Сару [サラ], которая тоже копает вокруг таинственного доктора. Вместе они вскрывают, как Фридман сумел сделать открытие и как это связано с прошлым Рю. Но счастье сменяется тревогой: возлюбленная Хаябусы Айрин Лью похищена неизвестными, и Рю вынужден снова принять маску Ниндзя-Дракона, чтобы спасти её и разобраться с новой угрозой, нависающей над всем миром.
