Токийская метрополия неожиданно попала под действие загадочной катастрофы: с неба опускиваются бесчисленные пузыри, заполняя улицы и площади и превращая город в нечто иное. Жители, ошеломлённые и не понимающие природы бедствия, в панике пытаются найти выход, но город всё сильнее пустеет. Рельеф местности меняется до неузнаваемости: привычные дороги и здания превращаются в лабиринты, открывая новые пространства для выживания. Среди бездомных и подростков, оставшихся без опеки, возникает своеобразный уклад жизни — они превращают опустевшее пространство в арену для соревнований по паркуру, пролагая маршруты между разрушенными домами и пропастями. Но именно одна встреча даёт шанс разгадать происходящее: талантливый, но замкнутый Хибики сталкивается с чудаковатой девочкой по имени Ута. Их союз может пролить свет на происшедшее несколько лет назад и привести к решению, которое вернёт городу его прежнюю судьбу, освободив его от чуждых пузырей и таинственных сил, удерживающих его в зыбком состоянии.
