В тени холодной войны разворачивался секретный проект двух флотилий: японских сил самообороны и американского военно-морского флота. В рамках программы, окутанной строжайшей тайной, была создана атомная подводная лодка Sea Bat — уникальное судно, не имеющее аналогов в мире. Официально она числилась в составе 7го флота США, однако экипаж практически полностью состоял из японцев, а капитаном назначили опытного офицера Сиро Кайеду. Во время первого похода Кайеда провозглашает Sea Bat независимым государством под названием Ямато и намекает на наличие на борту ядерного арсенала. Так начинается непрерывная охота: за самим капитаном, за «Ямато» и за тем, что может перевернуть представление правительства Японии о его будущем и подорвать репутацию США. В контексте политических интриг и военных секретов разворачивается борьба за правду: кто стоит за дерзким заявлением и какие силы стремятся использовать эту ситуации в своих интересах. Это аниме «Бесшумный флот» исследует темы суверенитета, доверия и мирной стратегии на фоне эпохи холодной войны.
