В глубине отдалённых районов региона Джото Сакаки, лидер таинственной группировки «R», обнаруживает сбежавшего Мьюту и вновь нацеливается на его поимку. Чтобы заманить могущественного покемона, он прибегает к ловушке, используя в качестве приманки его собственных подопечных — покемонов-клонов, созданных на основе научных экспериментов. В это же время Сатоши и его друзья попадают в плен к новому члену команды «R» — Домино, и начинается тяжёлая борьба за выживание. Между тем Мьюту вынужден раздумывать над смыслом жизни существ, созданных учёными: есть ли у них место в мире и какое предназначение им суждено исполнять. В ходе противостояния героев ждут испытания, опасности и сомнения, подталкивающие к важным решениям. Вопрос морали и судьбы искусственно созданных существ становится ключевым мотивом сюжета, обещая неожиданные повороты и новые союзы на пути к будущему региона.
