События разворачиваются спустя некоторое время после финала оригинального сериала. По мере развития сюжета снова встречаются все главные хранители дневников — ключевые фигуры, чьи записи управляют судьбами героев. Но главная загадка остаётся нерешённой: Деус Экс Макина всё ещё не может определить, кто из остающихся достоин стать новым богом, а времени остаётся немного. Юно Гасай из третьего мира внезапно начинает переживать обрывки памяти Юно из первого мира — словно их сознания переплетаются и перекладывают тяготы прошлого на её плечи. Она живёт с ощущением, что потеряла нечто крайне важное, но не может вспомнить, что именно или кого она утратила; эта догадка терзает её день за днём. И что случится, если воспоминания всё же вернутся? Откроется ли перед ней путь к новой игре, началу конца или, возможно, к неожиданно счастливому финалу, который изменит всё в корне?
